无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
医务室污水处理设备运行稳定，处理效率高；不受污水量的，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用，为后期改扩建标准提升，提供方便；厌氧的时间增加，提高了色度的去除率，同时提高了污水的可生化性，利于后续的好氧处理；可根据现场的情况，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
医院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，必须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。
医务室污水处理设备采用国际生物处理工艺，在总结国内外生活废水处理装置的运行经验的基础上，结合自己的科研成果和工程实践，设计出一种可地埋设置的成套有机废水处理装置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技术性能稳定可靠、处理效果好、投资省、自动化运行、维护操作方便、不占地表面积、不需盖房、不需采暖保温等优点。地面之上可种花种草，不影响周围环境。
