根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
医院污水处理成套设备在开机前做如下检查工作：检查污水处理一体化设备的风机油位是否正常，转动是否灵活，地脚螺栓有无松动，开机前须将润滑油加至标准油位，地脚螺栓须紧固，用手转动风机应无沉重感及异常响动，风机转动方向须与运行方向一致。
医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。不同部门科室产生的污水成分和水量各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等。而且不同性质医院产生的污水也有很大不同。医院污水较一般生活污水排放情况复杂。
医院污水处理成套设备的选择方案原则：在筛选多种治理方案的前提下，合理选定设计方案，减少工程造价，减少建设投资，减少运行费用，主体工艺路线尽量采用自流方式，减少动力消耗，节约能源；本着切合实际，经济合理，安全适用的原则，采用成熟的工艺，增加工艺含量，完善节能措施。
