根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
医院污水处理成套设备在开机前做如下检查工作：检查污水处理一体化设备的风机油位是否正常，转动是否灵活，地脚螺栓有无松动，开机前须将润滑油加至标准油位，地脚螺栓须紧固，用手转动风机应无沉重感及异常响动，风机转动方向须与运行方向一致。
医院污水特别是方舱医院污水其污水水质性质和生活污水差不多，不同就是污水内可能菌群超标，需要在污水处理设备末尾的消毒工艺上适当延长污水消毒时间，医院污水处理成套设备运行模式为全自动运行模式，可以去除污水当中的COD、BOD、氨氮、大肠杆菌等污染物。
为达到中出水水质要求，本污水处理工艺包含预处理（格栅、调节池）、二级处理（生化+MBR池）、消毒等环节。
加强处理效果的一级强化处理适用于处理出水进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。二级处理工艺适用于传染病医院(包括带传染病房的综合医院)和排入自然水体的综合医院污水处理。
